Początek kadencji charakteryzował się dużym optymizmem do dalszej kontynuacji procesu pokojowego. Pomimo ciężkich dyskusji i licznych kontrowersji, Ehud Barak zdecydował się na uczynienie postępu w procesie pokojowym z Palestyńczykami i z Syrią. Te dyskusje i rozterki znajdywały swoje odbicie podczas debat w Knesecie. W rok po utworzeniu rządu Baraka, izraelska armia wycofała się z południowego Libanu. To również było przedmiotem dyskusji w parlamencie.
We wrześniu 2000 wybuchło drugie palestyńskie powstanie Intifada Al-Aksa, które zniweczyło jakiekolwiek nadzieje zbudowania trwałego pokoju w krótkim czasie. W tym samym czasie szyiccy terroryści z Hezbollahu porwali do południowego Libanu i zamordowali 3 izraelskich żołnierzy. Porwano również izraelskiego obywatela, który odbywał zagraniczną podróż. Wraz z rozwojem Intifady wzrastała liczba samobójczych zamachów terrorystycznych wewnątrz Izraela. 23 października 2000 palestyńscy terroryści zamordowali ministra Revhava Ze’ewi, w Hyatt Hotel w Jerozolimie. Zmusiło to izraelską armię do podjęcia zdecydowanych kroków, które miały zapewnić bezpieczeństwo mieszkańcom Izraela. Operacja wojskowa na dużą skalę rozpoczęła się pod koniec marca 2002.