Kariera reprezentacyjna W 1985 roku Akpoborie był członkiem juniorskiej reprezentacji Nigerii U-16 na Mistrzostwach Świata w Chinach. Tam zagrał w 3 meczach, zdobył 1 gola i z rodakami sięgnął po tytuł mistrza świata.
W 1992 roku Akpoborie został powołany na turniej o Puchar Narodów Afryki. Był tam trzecim napastnikiem dla Rashidiego Yekiniego i Samsona Siasii, ale nie zagrał tam ani razu. Odebrał jednak symboliczny brązowy medal za ten turniej.
Do reprezentacji Akpoborie wrócił po trzech latach (powołany przez Shaibu Amodu) i 17 czerwca 1995 zadebiutował w przegranym 0:1 meczu z Kolumbią rozegranym w ramach US Cup. Swoją pierwszą bramkę zdobył już w następnym meczu tego turnieju, 24 czerwca w przegranym 1:2 meczu z Meksykiem.
W 1996 roku Akpoborie został powołany do olimpijskiej reprezentacji Nigerii na igrzyska olimpijskie w Atlancie. W ostatniej chwili jednak selekcjoner Jo Bonfrère zostawił go w domu i Akpoborie miał być jednym z czterech rezerwowych piłkarzy na wypadek kontuzji któregoś z graczy podstawowego składu. Podobnie było w 1998 roku, gdy niemal w ostatniej chwili wypadł z kadry na Mistrzostwa Świata we Francji.
W 2000 roku Akpoborie był w kadrze Nigerii na Puchar Narodów Afryki 2000.