W jednym z nich pisał: :"Nie mogła Wasza Ekscelencja zadać mi większych cierpień, niż pozbawić mnie mojego archiwum historycznego, którego zebranie kosztowało mnie siedem lat ciężkiego wysiłku, wiele chorób i znaczne sumy pieniędzy."Jose Torre Revello, Documentos ineditos para la historia de Espana, T.V Madryt 1947.
Historyk Indii Zachodnich Po kilku miesiącach i po sporządzeniu z pamięci spisu dokumentów, Boturini został odesłany do Hiszpanii. W drodze powrotnej na statku "La Concordia" został napadnięty przez angielskich korsarzy, którzy odebrali mu wszystko co posiadał, włącznie z ubraniem. Z Gibraltaru pieszo dostał się do Kadyksu posiadając przy sobie jedynie naszkicowany manuskrypt "Idea de una nueva Historia General de la America septentrional". Pozostałe dokumenty, które wiózł, zostały prawdopodobnie zniszczone.
W 1750 roku Boturini został zrehabilitowany i mianowany przez Filipa V historykiem Indii Zachodnich. Otrzymał również nakaz powrotu do Nowej Hiszpanii, gdzie miał napisać ponownie jej historię. Zbyt niska pensja otrzymana od króla nie pozwoliła Boturiniemu wypełnić polecenia i do końca życia pozostał w Madrycie, poświęcając się pisaniu o historii.