W czerwcu 1945 roku Franciszek Pułaski, aby zapewnić sobie wsparcie finansowe, wydzierżawił na 18 lat budynek Biblioteki Polskiemu Zjednoczeniu Rzymsko-Katolickiemu w Chicago. Pozwoliło to na uruchomienie w 1945 roku czytelni, a w 1946 Muzeum. W 1946 roku Polska Stacja Naukowa PAU została odłączona od Biblioteki i przeniesiona na ul. Lauriston.
W 1946 roku zostało reaktywowane Towarzystwo Historyczno-Literackie. W 1951 roku majątek PAU przejęła Polska Akademia Nauk. Doszło do sporu z rządem PRL. W 1955 roku Towarzystwo Historyczno-Literackie przegrało proces wytoczony rządowi o prawo do Biblioteki. W 1959 roku za niezależnością Biblioteki od rządu PRL wypowiedziało się Zgromadzenie Narodowe. Równocześnie sąd apelacyjny stwierdził brak ciągłości pomiędzy reaktywowanym po wojnie Towarzystwem Historyczno-Literackim. Jednak uznał, że nie da się ustalić właściciela Biblioteki, ponieważ nie ma również ciągłości pomiędzy PAN, a przedwojennym PAU. Uznano prawo do dzierżawy budynku przez Zjednoczenie Rzymsko-Katolickie w Chicago, które wydzierżawiło budynek Towarzystwu. W latach 1955–1959 podczas sporu o prawo własności zbiory zostały opieczętowane przez sąd.