Jako że członkowie rodu Zabielic lub Zabeltitz byli rycerzami-rabusiami., to najprawdopodobniej oni, wzorem innych rabusiów , wznieśli murowaną siedzibę rycerską, która wymieniana jest w źródłach z połowy XVI w. Za swoją zbójecką działalność dwóch członków rodu zostało skazanych na śmierć przez księcia głogowskiego Jana II. Konotop znajdował się w rękach Zabelów do 1482.
Na początku XVI w. nowym panem Konotopu został Balthasar von Löbell, a następnie Wolff von Dyherrn (w 1572). Najprawdopodobniej w XVI w. wzniesiony został renesansowy dwór o charakterze obronnym (otoczony fosą). Pierwszy kościół zbudowany w Konotopie najprawdopodobniej uległ zniszczeniu (pożar?), gdyż źródła wspominają o budowie kościoła w połowie XVI w. Wkrótce po zakończeniu budowy został przejęty przez protestantów i znajdował się w ich rękach w okresie 1550–1654. W trzech kryptach świątyni grzebano właścicieli majątku, w kaplicach bocznych zachowały się renesansowe i barokowe płyty grobowe oraz epitafia. Jesienią 2010 dwa portrety epitafijne zostały skradzione.