W 1929 roku rozpoczęto działalność pod zmienioną nazwą (Związek Wojujących Bezbożników), a centralnym organem prasowym stało się pismo „Ateist” (wydawane w wielu językach, między innymi polskim), oprócz tego kontynuowano wydawanie pozostałych tytułów. Przyjęta w Związku Radzieckim w 1929 roku ustawa antyreligijna ułatwiała zwalczanie religii w czasach kolektywizacji – bolszewicy uważali, iż zwalczanie wpływów Cerkwi na wsi ułatwi walkę z chłopami. Na początku lat 30. liczba członków związku wyniosła około 5 milionów. Organizacja zajmowała się w latach 30. i 40. organizowaniem muzeów ateizmu (między innymi w likwidowanych masowo kościołach różnych wyznań religijnych), ekspozycji antyreligijnych w domach kultury oraz szkoleń i kursów z zakresu ateizacji.
W propagandzie ateistycznej związek położył główny nacisk na materializm dialektyczny, kult techniki i przemysłu – widząc w nim główną siłę, która miała spowodować zmianę nastawienia społeczeństwa do religii. Sporządzano także tak zwane czarne listy księży przeznaczonych do fizycznej likwidacji.