22 lutego 2013 wspólnie z Aleksandrem Kwaśniewskim i Januszem Palikotem ogłosił powstanie ruchu Europa Plus, który stał się koalicją kilku ugrupowań politycznych (lewicowych i centrowych). Marek Siwiec został także przewodniczącym stowarzyszenia o tej nazwie (formalnie był nim do stycznia 2026). 6 października 2013 jego działacze współtworzyli nową partię Twój Ruch (powstałą z przekształcenia Ruchu Palikota), której to Marek Siwiec został wiceprzewodniczącym. W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2014 nie uzyskał reelekcji (oddano na niego 17 399 głosów). W lutym 2015 odszedł z Twojego Ruchu.
Po zakończeniu aktywności politycznej został dyrektorem Centrum Pamięci o Holokauście – Babi Jar. W listopadzie 2025 marszałek Sejmu Włodzimierz Czarzasty powołał go na stanowisko szefa Kancelarii Sejmu. Przystąpił do Nowej Lewicy, w marcu 2026 został przewodniczącym nowo powołanej Komisji Międzynarodowej tej partii.