Granice geologiczne między Alpami Centralnymi a Alpami Wapiennymi są wyraźne i silnie zaznaczone w terenie. Północną granicę Alp Centralnych oddzielającą je od Północnych Alp Wapiennych stanowi potężny, regionalny, położony niemal równoleżnikowo Uskok Salzach-Aniza. Jest on otoczony paleozoiczną strefą szarogłazową. W jej obrębie mają swoje koryta górne, równoleżnikowo przebiegające odcinki rzek Salzach oraz Aniza.
Natomiast południową granicę między Alpami Centralnymi a Alpami Wapiennymi stanowi przebiegająca również równoleżnikowo, licząca setki kilometrów długości, regionalna Linia Gailtalu i jej przedłużenie – linia tonalitowa. W jej otoczeniu oprócz szarogłazów znajdują się wychodnie skał permskich, karbońskich, dewońskich, a nawet sylurskich i ordowickich. Wskazuje to, że skały metamorficzne Alp Centralnych musiały być sformowane najpóźniej w paleozoiku. Być może uległy one późniejszemu pofałdowaniu i wtórej metamorfizacji w wyniku procesów górotwórczych orogenezy alpejskiej. Problem jest jednak dyskusyjny, gdyż część specjalistów uważa, że procesy metamorfizacyjne związane były bezpośrednio z fałdowaniem alpejskim.