Działalność polityczna w latach 1989–2003 W okresie aksamitnej rewolucji z listopada 1989 dołączył do opozycyjnego Forum Obywatelskiego. W grudniu tego samego roku objął funkcję ministra finansów w federalnym gabinecie Mariána Čalfy. Pełnił ją do lipca 1992 (początkowo w ramach rządu Czechosłowackiej Republiki Socjalistycznej, następnie Czeskiej i Słowackiej Republiki Federacyjnej). Od października 1991 był jednocześnie wicepremierem.
W 1990 i 1992 uzyskiwał mandat do jednej z izb Zgromadzenia Federalnego. W październiku 1990, po powołaniu oficjalnego przewodniczącego OF, został wybrany na tę funkcję. Na początku 1991 ugrupowanie uległo jednak rozkładowi. W kwietniu 1991 Václav Klaus zainicjował powołanie i stanął na czele Obywatelskiej Partii Demokratycznej. Formacją tą kierował nieprzerwanie do grudnia 2002.
Wygrana ODS w wyborach w 1992 umożliwiła Václavowi Klausowi objęcie stanowisko premiera Czech, do czego doszło 2 lipca. Wcześniej już zawarł porozumienie z Vladimírem Mečiarem odnośnie do likwidacji federacji. Od 1 stycznia 1993 kontynuował pracę na stanowisku premiera, kierując pierwszym rządem niepodległych Czech. Do 2 lutego 1993, tj. do dnia zaprzysiężenia prezydenta Václava Havla, wykonywał jednocześnie obowiązki głowy państwa.