25 sierpnia zakończyły się działania pościgowe za rozbitymi oddziałami sowieckimi. Na kilka tygodni nastąpiła stabilizacja linii frontu, a jednostki Wojska Polskiego, w tym lotnicze, przeszły kolejną reorganizację. Wycofano, celem uzupełnienia, eskadry najbardziej wyczerpane intensywnymi walkami. Były to 2., 8. i 21 eskadra. Poza nimi na tyłach przebywały także inne eskadry. Były to: 3., 11., 14., 17. i 18. oraz (4.) eskadra toruńska. 31 sierpnia, stacjonujący we Lwowie bombowiec Gotha został rozbity w wypadku.
Dopiero po uzupełnieniach w sprzęt i ludzi, na początku października 1920, eskadra została ponownie skierowana na front i wzięła udział w akcjach rozpoznawczych oraz bombowych przeciw wycofującym się oddziałom Budionnego. Od 4 października, startując z lotniska w Tarnopolu, działała na korzyść grupy gen. Lamezana. Walki polegały przede wszystkim na współpracy eskadr z zagonami kawalerii polskiej, które wypuszczały się głęboko na tyły wojsk sowieckich. 21 eskadra wspierała przede wszystkim 1 Brygadę Jazdy prowadzącą wówczas zagon kawaleryjski na Nowokonstantynów i Letyczew. W tym miesiącu jednostka wykonała jeszcze ponad 20 lotów bojowych. Ostatnie swe loty bojowe eskadra wykonała 18 października 1920.