We wrześniu dołączyła 3 eskadra wywiadowcza i 19 eskadra myśliwska.
Od 5 września, bazująca na lotnisku Dojlidy, 13 eskadra prowadziła działania w kierunku Białegostoku i Grodna. Działała przy tym na korzyść oddziałów lądowych 2 Armii gen. Edwarda Rydza-Śmigłego. W czasie lokalnych walk nad Świsłoczą i pod Odelskiem wspierała własną piechotę. Podczas walk o Grodno eskadra osłaniała przeprawę własnych wojsk, prowadząc naloty szturmowe w rejonie miasta oraz w obszarze Indra – Odelsk. Po zdobyciu miasta, przegrupowała się do Grodna. W następnych dniach 13 eskadra nadal zwalczała nieprzyjaciela na przeprawach przez Swisłocz
W dniu zakończenia działań 13 eskadra myśliwska stacjonowała w Lidzie. W czasie działań wojennych załogi eskadry wykonały 547 lotów bojowych o łącznej ilości 793 godzin. Zginęło 4 lotników.
Eskadra w okresie pokoju W 1921, będąca w składzie V dywizjonu, 13 eskadra myśliwska przegrupowała się na lotnisko Ławica. Tu weszła w skład formującego się 3 pułku lotniczego.