Śmierć W 1890 poważnie zachorowała. Na łożu śmierci Helenę odwiedziła jej młodsza siostra, cesarzowa Elżbieta. Według słów arcyksiężniczki Marii Walerii siostry odbyły rozmowę, jak zawsze w języku angielskim. Na słowa Sisi – „Życie zadawało nam obu ciężkie rany” – Néné miała odpowiedzieć: „Tak, ale miałyśmy serca”.
Helena zmarła 16 maja 1890 w Ratyzbonie. Zgodnie z jej wolą została pochowana w grobowcu rodzinnym Thurn und Taxis w Ratyzbonie.
Genealogia PrapradziadkowieJan Wittelsbach (Pfalz-Gelnhausen)(1698-1780) ∞1743 Zofia Charlotta Salm-Dhaun(1719-1770)Fryderyk Michał Wittelsbach (Pfalz-Birkenfeld)(1724-1767) ∞1746 Maria Franciszka Wittelsbach (Pfalz-Sulzbach)(1724-1794)Karol Arenberg ∞ Luiza Małgorzata de la Marck-SchleidenLudwik Józef de Maill ∞ Adelajda Julia d’HautefortChristian III Wittelsbach (Pfalz-Zweibrücken)(1674-1735) ∞1719 Karolina Nassau-Saarbrücken(1704–1774)Józef Karol Wittelsbach (Pfalz-Sulzbach)(1694-1729) ∞1717 Elżbieta Augusta Wittelsbach(1693-1728)wielki książę BadeniiKarol Fryderyk Badeński(1728-1811) ∞1751 Karoline Luise Hessen-Darmstadt(1723-1783)landgraf Hesji-DarmstadtLudwik IX(1719-1790) 1741 Karolina Wittelsbach (Pfalz-Zweibrücken)Pradziadkowieksiążę w BawariiWilhelm Wittelsbach(1752-1837) ∞1780 Anna Maria Wittelsbach(1753-1824)Ludwik Maria Arenberg(1757-1795) ∞ Anna de