Tajne zadanie NERV-u – przeprowadzenie Projektu Dopełnienia Ludzkości – ma na celu przyspieszenie ewolucji gatunku ludzkiego. SEELE, z nieznanych powodów, jest główną siłą czuwającą nad realizacją projektu. Członkowie tej organizacji uważają, iż potrzebne jest siłowe przeprowadzenie ewolucji, bowiem bez niej ludzkość zginie. Końcowym efektem ma być połączenie wszystkich dusz w jedną masę poprzez pozbawienie ich pól AT, które oddzielają ludzi od siebie. W ten sposób człowiek powróci do swego pierwotnego stanu – obróci się w LCL. Wszystkie umysły staną się jednym, zniknie wzajemne niezrozumienie, ból, cierpienie i samotność. Pozostanie tylko evangelion, który jest rzeczywistą nową ludzką formą i który z duszą wewnątrz przetrwa wszystko, stanowiąc wieczny dowód ludzkiej egzystencji.
Pod koniec serii Gendō i Rei inicjują Dopełnienie, zmuszając kluczowe postaci do zmierzenia się ze swym strachem i wątpliwościami, które towarzyszą im od wczesnego dzieciństwa. Ostatni odcinek poświęcony jest Shinjiemu, który ostatecznie akceptuje to, kim jest i postanawia dalej żyć, nawet jeśli ma to wiązać się z bólem, jaki ludzie zadają sobie nawzajem, a który stanowi nieodłączną część ludzkiej egzystencji.