Kolejne katedry historii sztuki powstały dopiero w 1893 we Lwowie (Jan Bołoz Antoniewicz) oraz w 1917 w Warszawie – objęta przez Zygmunta Batowskiego.
Prócz pracy uniwersyteckiej, w 1884 roku Sokołowski wraz z Jackiem Malczewskim i archeologami austriackimi wziął udział w wielkiej ekspedycji naukowej do Pamfilii i Pizydii, zorganizowanej i sfinansowanej przez Karola Lanckorońskiego. Podczas tej wyprawy odkrył jedno z nielicznych zachowanych inskrypcji w starożytnym języku luwijskim w pobliżu miejscowości Köylütolu w zachodniej Turcji. Wiosną 1895 roku odbył ponadto podróż naukową do Niemiec, Holandii i Anglii, zaś w 1904 – do Moskwy i Petersburga.
Drugim polem aktywności naukowej Mariana Sokołowskiego była Akademia Umiejętności. Jej korespondentem został w 1880, a członkiem czynnym w 1884. W latach 1872–1882 był przy W. Łuszczkiewiczu sekretarzem akademijnej Komisji Badania Historii Sztuki, a od 1892 do śmierci – jej przewodniczącym. W pełni urzeczywistnił wówczas swój autorski program reform z 1887, mających na celu „podniesienie pożyteczności i ożywienie działalności Komisyi”.