Gdy Otto Habsburg został pełnoprawnym i samodzielnym politykiem, Zyta starała się o poparcie dla restauracji wśród środowisk emigracyjnych, np. w 1940 roku odwiedziła Nowy Jork. To między innymi dzięki jej namowom w 1943 roku Austria uzyskała status pierwszej ofiary narodowosocjalistycznych Niemiec. W latach 1940–1948 cesarzowa mieszkała w kanadyjskim Quebecu, gdzie czwórka jej najmłodszych dzieci studiowała na Uniwersytecie Lavala, a w latach 1948–1953 w Tuxedo niedaleko Nowego Jorku, w dawnym domu Marka Twaina. Do 1962 roku mieszkała w Luksemburgu, a potem ponownie w Szwajcarii..
Do Austrii wróciła dopiero w 1982 roku, serdecznie witana przez swoich dawnych poddanych. Zmarła siedem lat później, w wieku 97 lat. Jej ciało zostało przewiezione ze szwajcarskiego domu starców do Wiednia, gdzie została pochowana ze wszystkimi honorami w Krypcie Cesarskiej w Kościele Kapucynów. Nabożeństwo żałobne sprawowali wspólnie metropolita wiedeński kard. Hans Hermann Groër i prymas Węgier kard. László Paskai, a modlitwę powszechną odczytano po niemiecku, czesku, węgiersku, chorwacku, włosku, słoweńsku i polsku.