Podczas typowego nalotu światła były włączane, klienci ustawieni w kolejce, a ich karty identyfikacyjne sprawdzane. Ci, którzy nie zostali zidentyfikowani lub byli ubrani niezgodnie z przepisami, byli aresztowani.
Zamieszki w 1969
thumb|right|Tablica upamiętniająca zamieszki Stonewall W nocy z 27 na 28 czerwca 1969 policja dokonała rutynowego nalotu na lokal. Policjanci przepytywali klientów i pojedynczo wypuszczali na zewnątrz lokalu, ci zaś zamiast rozejść się, zatrzymywali się przed wejściem. Zebrał się tłum w liczbie ok. 200 osób. Gdy policjanci wyprowadzali kelnera, ochroniarza, trzy osoby transpłciowe i jedną lesbijkę do wozu policyjnego, tłum zareagował okrzykami We want freedom, Gay power. Doszło do przepychanek, gdy policjanci chcieli wepchnąć lesbijkę do samochodu, która broniąc się, w końcu się oswobodziła. Na policjantów posypały się kamienie, butelki i śmieci. Doszło do wybuchu gniewu i agresji wśród tłumu, a zamieszki trwały do późna w nocy.