W pierwszym sezonie gry w Juventusie zdobył scudetto. W sezonie 2002/2003 był już kluczowym zawodnikiem drużyny, grając wymiennie na pozycjach ofensywnego pomocnika i skrzydłowego. W jednym z wywiadów Marcello Lippi oznajmił – „ten chłopak chyba nawet przez sen biega!” Juventus zdobył 27. scudetto oraz dotarł do finału Ligi Mistrzów. W zwycięskim półfinałowym meczu z Realem (3-1) Nedvěd był wraz z Alessandro Del Piero i Davidem Trezguetem najlepszym piłkarzem na boisku. Jednak w 82. minucie meczu sfaulował Steve’a McManamana, za co został ukarany żółtą kartką. Była to druga żółta karta w tamtych rozgrywkach, co wykluczyło Nedveda z udziału w finale. Juventus przegrał finał z A.C. Milan w karnych, a jako główną przyczynę porażki komentatorzy uznali brak Nedveda.
Po sezonie 2002/2003 Czech wybrany został Najlepszym Piłkarzem Europy plebiscytu France Football (otrzymał Złotą Piłkę) i został wybrany najlepszym piłkarzem Czech (w sumie 6-krotnie w karierze). Latem 2009 roku odszedł z Juventusu i zakończył karierę piłkarską.