W wyborach samorządowych w 1998 bezskutecznie ubiegał się o mandat radnego sejmiku mazowieckiego z ramienia Sojuszu Lewicy Demokratycznej. Jesienią 2001 został podsekretarzem stanu w Ministerstwie Zdrowia (zastępcą Mariusza Łapińskiego), odpowiedzialnym za m.in. politykę lekową, programy polityki zdrowotnej i ratownictwo medyczne. W styczniu 2003 zajął 6. miejsce na liście najbardziej wpływowych osób w polskiej służbie zdrowia opublikowanej przez „Puls Medycyny”. Po dymisji Łapińskiego, w styczniu 2003, nowy minister zdrowia Marek Balicki domagał się jego dymisji. 1 kwietnia 2003 Nauman został prezesem Narodowego Funduszu Zdrowia. W reakcji na tę decyzję premiera Leszka Millera Balicki podał się do dymisji. Z posadą prezesa NFZ musiał się jednak rozstać po ogłoszeniu w maju 2003 przez gazetę „Rzeczpospolita” podejrzeń o korupcję w Ministerstwie Zdrowia (został odwołany 23 maja 2003). W czerwcu 2003 został wykluczony z SLD.

Po odejściu z NFZ, we wrześniu 2003 został ekspertem ds. handlu zagranicznego farmaceutykami w kontrolowanym przez skarb państwa Ciechu SA – największej polskiej firmie chemicznej (zrezygnował z tej funkcji 22 czerwca 2004).