Ostatecznie Kazuki Omori stworzył nowy skrypt do Godzilla vs. Mothra, gdzie wykorzystał elementy z Mothra vs. Bagan zastępując Bagana Godzillą oraz Godzilla vs. Gigamoth traktując Gigamoth jako prototyp Battry.
Fabuła W Ziemię uderza olbrzymi meteoryt, który wpada do Pacyfiku wywołując ogromny tajfun. Meteoryt budzi ze snu Godzillę. Oprócz tego szalejący tajfun wywołuje erozję na jednej z indonezyjskich wysp, która odsłania ogromne jajo widoczne z nawet z kosmosu. Japońska firma wysyła na wyspę grupę archeologów, którzy odnajdują jajo, a także pozostałości po cywilizacji zamieszkującej Ziemię 12 000 lat temu. Przy jaju spotykają dwie liliputki-strażniczki – ostatnie reprezentantki cywilizacji Cosmos – która zamieszkiwała Ziemię wiele lat temu. Ostrzegają one przybyszów aby zostawili jajo w spokoju gdyż należy ono do Mothry – strażniczki cywilizacji Cosmos i wszystkich ludzi na Ziemi. Opowiadają one historię o walce Mothry z Battrą – mrocznym wcieleniem Mothry, która stoczyła się 12000 lat temu. Mothra wygrała bitwę ale cywilizacja Cosmos nie przetrwała. Ekspedycja zabiera jajo do Japonii, podczas podróży statek atakuje Godzilla. Pojawia się też Battra w postaci larwalnej. Okazuje się, że była ona zamrożona na Arktyce a uderzenie meteorytu wyzwoliło ją z lodowego więzienia. W czasie bójki z jaja wykluwa się Mothra.