Od czerwca 1993 do lipca 1998 ponownie pełnił urząd ministra spraw zagranicznych. Od 1998 do 1999 był Specjalnym Przedstawicielem Sekretarza Generalnego ONZ ds. Regionu Wielkich Jezior.
Pod koniec lat 90. zerwał współpracę z prezydentem Abdou Dioufem, wystąpił z Senegalskiej Partii Socjalistycznej i w lipcu 1999 założył własną partię, Sojusz Sił Postępu (Alliance des Forces de Progrès, AFP). Został jej kandydatem w wyborach prezydenckich 27 lutego 2000. Zajął w nich trzecie miejsce (16,8% głosów poparcia) za urzędującym prezydentem Abdou Dioufem oraz liderem opozycji Abdoulaye'em Wade. W drugiej turze głosowania poparł Wade. Po zwycięstwie w wyborach, prezydent Wade 5 kwietnia 2000 mianował go szefem rządu. Niasse zajmował ten urząd przez 11 miesięcy. Zrezygnował 3 marca 2001, po odrzuceniu złożonej przez prezydenta propozycji wstąpienia do Senegalskiej Partii Demokratycznej