Norell i inni (2006) uznali rahonawisa za takson siostrzany unenlagii, a w 2007 Alan Turner i inni uznali te dwa rodzajowe, za blisko ze sobą spokrewnione. Natomiast z analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Godefroita i współpracowników (2013) wynika, że rahonawis był bazalnym ptakiem i taksonem siostrzanym do rodzaju Shenzhouraptor. Rahonavis początkowo został opisany pod nazwą Rahona, ale później okazało się, że jest ona już zajęta przez pewną ćmę i została zmieniona na Rahonavis.
Odkrycie Skamieniałości rahonawisa zostały odnalezione w 1995 przez połączone wyprawy SUNY i Uniwersytetu Antananarywy w pobliżu wioski Berivotra. Ponieważ większa część formacji geologicznej leżącej obok tej wioski jest porośnięta gęstą trawę, identyfikacja skamieniałości jest niemożliwa. Jednak na zboczu, na którym trawa została wypalona udało się znaleźć kości olbrzymiego zauropoda z rodzaju Titanosaurus. Wokół nich znaleziono szczątki rahonawisa złożone z kończyn tylnych, fragmentów ogona, kości skrzydeł i ramienia. Ustalano, że ich właściciel był o jedną piątą większy niż archeopteryks. W prowincji Kem Kem w Maroku znaleziono kręg piersiowy (NMC 50852) podobny do kręgu rahonawisa.