Według własnej relacji pierwszy dał sygnał do zakończenia powstania wobec braku szans na interwencję zewnętrzną. Dzięki pomocy austriackiego polityka i adwokata został skazany za udział w powstaniu tylko na trzy miesiące więzienia mimo przejęcia przez rząd austriacki kompromitujących go listów.
W 1866 wraz z Józefem Szujskim i Stanisławem Tarnowskim założył „Przegląd Polski”. Został jednym z przywódców obozu Stańczyków. W latach 1869–1870 poseł do Sejmu Krajowego i deputowany do wiedeńskiej Rady Państwa.
W latach 1866–1868 był kierownikiem artystycznym sceny krakowskiej, której dyrektorem w tym okresie był Adam Franciszek Skorupka. W 1871, kiedy schorowany Skorupka wyjechał do Warszawy, oddał kierownictwo artystyczne Koźmianowi, ale zachował dla siebie tytuł dyrektora. Dopiero po śmierci Skorupki w 1873 Koźmian został prawowitym dyrektorem Teatru Krakowskiego.
Jako kierownik artystyczny dbał o przemyślany repertuar teatru. W latach 1871–1877 zamieszczał artykuły w czasopiśmie „Afisz teatralny”. Od aktorów wymagał nienagannego pamięciowego opanowania roli, nieskazitelności dykcji. Stawiał na grę zespołową i naturalność na scenie. Charakteryzację ograniczył do minimum.