Był aktywny politycznie i społecznie – wybrano go na przedstawiciela studentów do Rady Ochrony Środowiska Wyomingu.
Śmierć Krótko po północy 7 października 1998 Shepard był w uczelnianym barze w Laramie, gdzie spotkał się z 22-letnim Aaronem McKinneyem i 21-letnim Russellem Hendersonem. Henderson i McKinney, symulując zainteresowanie erotyczne i koleżeńskie, wywabili Sheparda z baru i wywieźli w odludne tereny Sherman Hills na wschód od miasta. Tam, po przywiązaniu do ogrodzenia, Shepard był bity i torturowany. Oprawcy pozostawili go związanego na ogrodzeniu, by umarł. Nocą temperatura w okolicy spadła do blisko zera stopniLosing Matt Shepard; B. Loffreda,; wyd. Columbia University Press, 2001; , s. 1–6..
18 godzin po uprowadzeniu Sheparda znalazł przypadkowo przejeżdżający rowerzysta, który początkowo wziął go za stracha na wróble. Gdy przewożono go do szpitala, żył, choć był w śpiączce. Zmarł cztery dni później w szpitalu o 12:53, nie odzyskawszy przytomności. Przyczyną zgonu były obrażenia mózgu, które upośledziły podstawowe funkcje życiowe. Pęknięcie czaszki sięgało od tyłu głowy aż przed prawe ucho.