Odbudowany po pożarze z 1645, konsekrowany został w 1670 przez sufragana poznańskiego bpa Macieja Kurskiego.
Po pożarze z 19 lutego 1792 kościół przez ponad pół wieku pozostawał w ruinie. Odbudowa, dokonana w latach 1848–1856 staraniem proboszcza Grzegorza Budnego, okazała się nietrwała.
Następny gospodarz parafii, ks. Stanisław Czapliński, w latach 1877–1878 przeprowadził gruntowną restaurację kościoła. Usunięto wówczas osiem filarów dzielących nawę i zasłaniających ołtarze, ukształtowano szczyty zachodniej fasady i kruchty, przebudowano zakrystię i skarbiec, dobudowano kruchtę do kaplicy południowej, a wnętrze kościoła nakryto pozorną kolebką. Z czasów ks. Czaplińskiego pochodzi też ozdobna wieżyczka na kalenicy, chór muzyczny, ołtarze, ambona i chrzcielnica. Kolejna restauracja przeprowadzona została w 1890.
W lecie 1915 kościół farny został czasowo zamieniony na szpital wojskowy.
28 i 29 sierpnia 1926 odbyły się uroczystości przewiezienia relikwii św. Stanisława Kostki do kościoła w Rostkowie w związku z 200-leciem kanonizacji. 28 sierpnia w kościele farnym nieszpory celebrował biskup Antoni Julian Nowowiejski. Uroczystości ku czci św. Stanisława Kostki zakończyły się w Rostkowie 29 sierpnia.