W dniu 9 marca 1946 roku doszło do tragedii, w której zmarło 33 osoby, a 520 fanów zostało rannych, podczas meczu FA Cup z Boltonem. W sezonie 1952/53 Stoke spadło do drugiego poziomu rozgrywek. Bob McGory zrezygnował z funkcji trenera po 17 latach. Jego następcą został Frank Taylor, który ponownie chciał wprowadzić drużynę do pierwszej ligi. Po siedmiu meczach bez zwycięstwa Taylor został zwolniony. W czerwcu 1960 roku drużynę objął Tony Waddington. Nowy trener poprowadził klub na szczyt angielskich boisk. Pod jego wodzą klub zdobył w 1972 Puchar Ligi, pokonując w finale Chelsea 2:1. W marcu 1977 roku po porażce z Leicester City Waddington opuścił drużynę. W roku 1977 Stoke spadło z najwyższej klasy rozgrywkowej, jednak po roku przerwy zespół ponownie uzyskał awans. W sezonie 1984/85 klub przez cały sezon odniósł zaledwie trzy ligowe zwycięstwa. Klub zdobył Puchar League Trophy dwukrotnie, najpierw w 1992, a następnie w 2000 roku.