Równolegle rozwijano kompetencje w zakresie cyfryzacji administracji publicznej. Od 2011 roku w oddziale NASK w Białymstoku rozwijano rozwiązania z zakresu elektronicznego zarządzania dokumentacją, wywodzące się z systemu EZD stworzonego pierwotnie w Podlaskim Urzędzie Wojewódzkim. W 2022 roku NASK przejął rozwój i utrzymanie systemu EZD RP (Elektroniczne Zarządzanie Dokumentacją Rzeczypospolitej Polskiej), projektowanego jako jednolite narzędzie elektronicznego obiegu dokumentów w administracji publicznej.
Po rozpoczęciu pełnoskalowej agresji Rosji na Ukrainę 24 lutego 2022 roku NASK zintensyfikował działania w obszarze monitorowania i przeciwdziałania dezinformacji w internecie, obejmujące analizę treści rozpowszechnianych w sieci oraz inicjatywy informacyjne i edukacyjne.
Instytut rozwijał również współpracę przy projektach związanych z cyfryzacją usług publicznych, w tym rozwiązaniami dotyczącymi elektronicznych dokumentów i tożsamości cyfrowej, wpisując się w krajowe i europejskie inicjatywy interoperacyjności systemów administracji publicznej.