Problem autorstwa Autor Ewangelii starannie przemilcza swoje imię, lecz autorstwo na ogół przypisywano Janowi, jednemu z 12 apostołów. Świadczy o tym m.in. częste niewymienianie Jana wśród grona apostołów, a zamiast niego określenie: „uczeń, którego Jezus miłował”. Twierdzi się, że „uczniem umiłowanym” jest Jan Apostoł. Próbowano bez większego powodzenia „ucznia umiłowanego” utożsamić z Łazarzem. Przeważa dzisiaj pogląd, że identyfikacja „ucznia umiłowanego” jest niemożliwa.
Świadectwa ojców Kościoła nie rozstrzygają kwestii autorstwa. Fragment Muratoriego wspomina, że Ewangelię napisał uczeń Jezusa, ale nie precyzuje, że był to konkretnie Jan Apostoł. Teofil z Antiochii (ok. 180 roku) jako pierwszy przypisał ją Janowi Apostołowi. Z kolei Papiasz twierdzi, że wśród uczniów Jezusa byli zarówno Jan apostoł, jak też i „prezbiter Jan”. Ireneusz z Lyonu pisał, że „uczeń Pański, który nawet spoczywał na Jego piersi”, wydał swą Ewangelię w Efezie. Prawdopodobnie wyraża opinię, która w jego czasach była szeroko rozpowszechniona w Kościele.