Życie prywatne Spotykał się z Joey Lauren Adams (od lipca 1997 do czerwca 1998) i Anne Heche (1998). W latach 2005–2006 Vaughn związany był z aktorką Jennifer Aniston, która była jego partnerką w komedii Sztuka zrywania. Po niecałym roku para rozstała się, oboje potwierdzili że pozostaną przyjaciółmi. Od lutego 2009 był zaręczony z kanadyjską maklerką Kylą Weber, z którą ożenił się 2 stycznia 2010 w Lake Forest w stanie Illinois. Mają dwoje dzieci: córkę Locklyn Kylę (ur. 2010) i syna Vernona Lindsaya (ur. 2013).
Jest fanem Chicago Blackhawks.
Vaughn poparł republikańskiego kandydata na prezydenta Rona Paula w wyborach 2008 i 2012, jak i Randa Paula w wyborach w 2016. Wystąpił również na wielu imprezach Libertarian Party.
W 2016 Vaughn rozpoczął trening brazylijskiego jiu-jitsu w Gracie Academy w Torrance w Los Angeles i w lutym 2018 otrzymał swój niebieski pas.
10 czerwca 2018 Vaughn został aresztowany pod zarzutem prowadzenia pojazdu pod wpływem alkoholu i stawienia oporu w areszcie Manhattan Beach, po niepowodzeniu testu trzeźwości na posterunku policji.