Walczył w 1939 roku w obronie Polski i podczas okupacji w Armii Krajowej. Prowadził pracownię architektoniczną i uczestniczył w tajnym nauczaniu architektury (m.in. ucząc Małgorzatę Handzelewicz-Wacławek). W 1943 przejął po zmarłym profesorze Rudolfie Świerczyńskim prowadzenie zajęć z projektowania na Wydziale Architektury Wnętrz, działającym oficjalnie w ramach powołanej przez okupantów Państwowej Szkoły Budownictwa i kontynuującym potajemnie tradycje zlikwidowanego Wydziału Architektury Politechniki Warszawskiej.
Tuż po zakończeniu działań wojennych zainicjował stworzenie Pracowni Dyskusji Architektonicznej, działającej w ramach struktur Biura Odbudowy Stolicy. Jej głównym zadaniem była praca badawcza - w ramach prowadzonych studiów powstała niezwykle nowoczesna koncepcja zagospodarowania śródmieścia Warszawy: stołecznego city skomponowanego z wolnostojących budynków biurowych i handlowych o zróżnicowanej różnej skali. Osią założenia miały być Aleje Jerozolimskie, określane przez Macieja Nowickiego mianem „teatru życia śródmiejskiego”. W tym samym czasie Nowicki uczestniczył także w pracach projektowych dotyczących odbudowy wsi Piaseczno jako wsi doświadczalnej.Stefan Tworkowski, Piaseczno, wieś doświadczalna, Warszawa 1967