Z powodu ograniczonego zasięgu władz urzędników Rzeczypospolitej, Zaporoże stało się miejscem schronienia dla zbiegów oraz osiedlania się przybyszów z centralnej i wschodniej Rzeczypospolitej, a także uchodźców i osadników z Hospodarstwa Mołdawii, Hospodarstwa Wołoszczyzny i Carstwa Rosyjskiego. W 1635 na Zaporożu staraniami hetmana wielkiego koronnego Stanisława Koniecpolskiego została wzniesiona twierdza Kudak.

Od Korony Królestwa Polskiego Zaporoże zostało odłączone w 1686 w konsekwencji postanowień traktatu Grzymułtowskiego i zostało przyłączone do Rosji. W 1751 w północnej części Zaporoża przy granicy z Polską utworzono Nową Serbię (zlikwidowaną w 1764), w której osiedlali się przybysze z krajów bałkańskich i naddunajskich, głównie Mołdawianie i Serbowie. Od drugiej połowy XVIII wieku część Noworosji. W drugiej połowie XVIII wieku i na początku XIX wieku założono na Zaporożu m.in. miejscowości Aleksandrowsk, Krzywy Róg, Jekaterynosław, będące obecnie największymi miastami regionu. Od 1802 był podzielony administracyjnie między gubernie jekaterynosławską i chersońską. W XIX wieku nastąpił rozwój przemysłu wydobywczego (Krzywy Róg) i metalurgicznego (Kamieńskie, Jekaterynosław). W latach 1918–1919 Ukraińska Republika Ludowa, od 1919 Ukraińska SRR.