Agamemnon pozwolił jednak, by dziewczynę wzięto do ołtarza jako zwierzę ofiarne. W tym momencie interweniowała jednak sama Artemida, biorąc Ifigenię ze sobą. Agamemnon tymczasem odesłał żonę z powrotem do Argos. Zrodziła się w niej wtedy myśl o zemście.
Klitajmestra tymczasem na czas nieobecności króla Sparty wzięła pod swą opiekę jego córkę Hermione.
Podczas wojny do Argos przyjechał Telefos, prosząc o pomoc Agamemnona. Klitajmestra doradziła mu porwanie jej synka Orestesa, co miało zmusić Atrydę do pożądanego postępowania.
Związek z Ajgistem Wojna pod Troją toczyła się przez wiele lat, a informacje o walczących mężach nie napływały. Rozpowszechniły się informacje, jakoby Agamemnon poległ, a z nim podlegli mu ludzie. Klitajmestra przez pewien czas pozostawała wierna mężowi, mimo całego zła, jakie jej wyrządził. Zachowania żony miał pilnować pozostawiony przez Agamemnona, posunięty w latach pieśniarz Demodokos, którego Atryda ustanowił doradcą królowej. Ponadto miał on przekazywać walczącemu pod Troją informacje o poczynaniach żony. Jednakże w Klitajmestrze zakochał się Ajgistos. W celu zdobycia kobiety pozbył się pieśniarza. Klitajmestra dała w końcu wiarę pogłoskom o śmierci męża i uznała się za wdowę.