Aresztowany przez Austriaków, przebywał w więzieniach w Nowym Targu, Nowym Sączu i we Lwowie. Dnia 10 grudnia 1846 został skazany wraz z dziesięcioma innymi powstańcami na karę śmierci za "zbrodnię zdrady stanu". Ostatecznie dnia 1 lipca 1847 tylko dla niego został podtrzymany wyrok kary śmierci za przewodzenie powstaniu. Ułaskawiony przez cesarza Ferdynanda I na prośbę z dnia 3 sierpnia 1847 skierowaną przez gubernatora Galicji Franza Stadiona, który obawiał się wybuchu rozruchów w Galicji po straceniu kapłana-powstańca. Wyrok kary śmierci został mu zamieniony przez cesarza na 20 lat "ciężkiego więzienia", które początkowo odbywał w Kufsteinie w Tyrolu, a później w twierdzy Szpilberg na Morawach.
Zwolniony na mocy amnestii w marcu 1848, powrócił do Starego Sącza, gdzie uzyskał uchwałą Rady Narodowej Starego Sącza w lipcu 1848 pomoc materialną, wynoszącą 80 złotych reńskich jednorazowej pomocy, oraz miesięczny zasiłek w wysokości 10 złotych reńskich. Schronienie i opiekę ks. Kmietowicz uzyskał w Głębokiem od starosądeckich sióstr klarysek.