1948), Bidaya wa nihaya (Początek i koniec, 1949). Najwięcej czasu zajęło napisanie i wydanie wielkiego dzieła jakim jest Trylogia kairska. Pierwsza część, zatytułowana Bayna al-Qasrayn (Między dwoma zamkami), pojawiła się w 1956. Część druga Qasr asz-Szawq oraz trzecia As–Sukkariyya były dostępne dla czytelnika już w 1957.
Po wydaniu ostatniej części trylogii Mahfuz zawiesił swoją pisarską działalność na okres czterech lat. Uważa się, że tyle właśnie czasu potrzebował, by ustosunkować się do zmian w społeczeństwie egipskim, które niosła ze sobą naserowską rewolucja. Powieścią napisaną po wspomnianej przerwie była Awlad Haratina (Dzieci naszej ulicy), która zapoczątkowała etap w jego twórczości nazywany "filozoficznym". Powieść ta początkowo była wydawana w odcinkach na łamach egipskiej gazety Al–Ahram. Jej treść została uznana za kontrowersyjną i stała się przyczyną nieudanego zamachu na życie pisarza. Do zamachu doszło w 1994 w kairskiej kawiarni Al-Fiszawi, przy wejściu na bazar Chan al-Chalili w Kairze – najstarszego lokalu w Afryce, gdzie Mahfuz bywał niemalże codziennym bywalcem.