Maciej Zieliński otrzymał wiele nagród na konkursach kompozytorskich w kraju i za granicą, m.in.: II nagrodę Kapituły Krytyków II Forum Młodych Kompozytorów w Krakowie (1994), II nagrodę w I Konkursie Młodych Kompozytorów „Musica Sacra” (1995), II nagrodę w Międzynarodowym Konkursie Muzyki Syntezatorowej i Komputerowej w Brunszwiku (1995) za Alone in a Crowd..., III nagrodę w Międzynarodowym Konkursie Kompozytorskim „Jihlava ’96” w Czechach (1996) za Domine, quis habitabit, III nagrodę w Ogólnopolskim Konkursie Kompozytorskim w Gdańsku (1997), Josiah Parker Composition Prize w Wielkiej Brytanii (1999), Alan Bush Composition Prize w Wielkiej Brytanii (1999), nagrodę główną w Konkursie Polskiego Towarzystwa Muzyki Współczesnej na Projekt Multimedialny (Clouds)(1999). Otrzymał również Stypendium Ministra Kultury i Sztuki (1995) oraz British Council Fellowship Award (1998).
Jego kompozycje wydawały takie wytwórnie fonograficzne, jak Dux, Acte Préalable, Polskie Nagrania Edition, a także były emitowane przez wiele radiofonii europejskich. Płyta z jego I Kwartetem smyczkowym (1994) w wykonaniu żeńskiego kwartetu Dafô i wydana przez wytwórnię Dux otrzymała nagrodę Fryderyk 2002.