Z dniem 1 sierpnia 1924 wyznaczony został na stanowisko I oficera sztabu Inspektoratu Armii Nr III w Toruniu (etat generała brygady). Był wówczas podwładnym inspektora armii gen. dyw. Leonarda Skierskiego. 31 lipca 1926 został mianowany dowódcą 8 Dywizji Piechoty w Modlinie. Od 3 stycznia do 24 czerwca 1927 był słuchaczem III Kursu Centrum Wyższych Studiów Wojskowych w Warszawie. 1 stycznia 1928 został mianowany generałem brygady ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1928 i 3. lokatą w korpusie generałów. 15 maja 1928 został zwolniony ze stanowiska dowódcy dywizji, a 31 sierpnia tego roku przeniesiony w stan spoczynku. Osiadł w Krakowie, gdzie początkowo kierował placówką Biura Podróży „Orbis”, potem hurtownią wyrobów tytoniowych przy ul. Starowiślnej. Był również kuratorem krakowskiej Gminy Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego.
Zmarł 25 lipca 1945 w Krakowie. Został pochowany w grobowcu rodzinnym na cmentarzu Rakowickim (kwatera GA-płn.-wsch.-narożnik).
Henryk Bobkowski był żonaty ze Stanisławą z Malinowskich, z którą miał syna Andrzeja (1913–1961), a którego ojcem chrzestnym był Mathias Zdarsky.