Od 2016 w związku z konfliktem w obrębie MZR część środowiska zaczęła kwestionować legalność wyboru Tomasza Miśkiewicza na stanowisko muftiego. Zgodnie z zarzutami wyboru muftiego dokonuje kongres elekcyjny, podczas gdy Miśkiewicza powołał zjazd, a on sam nie miał ukończonych wymaganych prawem 40 lat. We wrześniu 2016 zwołano Najwyższe Kolegium Muzułmańskie, które podjęło uchwałę o nieważności poprzedniego wyboru, zaś 15 października 2016 zwołano w Kruszynianach Wszechpolski Elekcyjny Kongres Muzułmański i wybrano nowego muftiego – Janusza Aleksandrowicza. Miśkiewicz wysłał do ministerstwa sprzeciw, a to 17 lipca 2017 wystawiło mu zaświadczenie, że on jest muftim.
Muzułmańskie gminy wyznaniowe MZR skupia następujące muzułmańskie gminy wyznaniowe: Muzułmańska Gmina Wyznaniowa w Białymstoku Muzułmańska Gmina Wyznaniowa w Bohonikach Muzułmańska Gmina Wyznaniowa w Kruszynianach Muzułmańska Gmina Wyznaniowa w Gdańsku Muzułmańska Gmina Wyznaniowa w Warszawie
Przewodniczący Najwyższego Kolegium Muzułmańskiego Stefan Bajraszewski (1972–1984) Stefan Mucharski Jan