W 1889 został kanclerzem w ministerstwie finansów w Wiedniu. Reprezentował rząd w Niższej Izbie, będąc odpowiedzialny za sprawy podatkowe. Zaproponował między innymi reformę podatków bezpośrednich. Ówczesne, wysokie stawki opodatkowania w Austrii mocno obciążały przemysł, szczególnie w czasach wojny, znacznie hamując tym samym inwestycje. Propozycja Böhm-Bawerka wprowadzała nowoczesny podatek dochodowy. Została ona szybko zatwierdzona i okazała się wielkim sukcesem.
W 1895 po raz pierwszy został Ministrem Finansów. Był dwukrotnie nominowany na to stanowisko, jednak w obu przypadkach sprawował urząd bardzo krótko. Po raz trzeci został wybrany w roku 1900 i pozostał na stanowisku do 1904. Jako minister finansów nieustannie walczył o zrównoważony budżet i pozostanie przy systemie waluty złotej. W 1902 zlikwidował dopłaty cukrowe, które były elementem austriackiego systemu przez prawie dwa wieki. Ostatecznie zrezygnował ze stanowiska w 1904, gdy olbrzymie potrzeby finansowe armii zagroziły równowadze budżetowej. Alexander Gerschenkron, historyk, krytykował Böhm-Bawerka za jego skąpstwo i politykę oszczędności, a także obarczył winą za zacofanie austriackiej gospodarki, która miała wynikać z niechęci do wydatków na projekty publiczne.