Zagrożenia i ochrona Gatunek objęty w Polsce ochroną ścisłą. Kategorie zagrożenia: Kategoria zagrożenia w Polsce według Czerwonej listy roślin i grzybów Polski (2006): V (narażony na wyginięcie); 2016: EN (zagrożony). Kategoria zagrożenia w Polsce według Polskiej Czerwonej Księgi Roślin: VU (vulnerable, narażony).
Obecnie najliczniejsze są stanowiska tego gatunku w Pieninach, gdzie w 2006 liczba wszystkich osobników wynosiła 1000-1400 i w Gorcach (ok. 1000 osobników). Największym zagrożeniem dla kukułki bzowej jest nawożenie łąk, zarastanie stanowisk w wyniku braku wypasu i koszenia. W parkach narodowych należy okresowo kosić łąki, na których występuje, zaś stanowiska poza parkami winne być objęte ochroną czynną. W pewnym stopniu roślinie zagrażają również ludzie, niszczący rośliny wzdłuż szlaków turystycznych (zadeptywanie, zrywanie).
O wysokim stopniu zagrożenia świadczyć może zanikająca w zastraszającym tempie liczba stanowisk. W Polsce stwierdzono dawniej występowanie tego gatunku na około 170 stanowiskach, jednak ostatnio (do 2008 r.) potwierdzono występowanie