Dąbrowskiego w kampanii rosyjskiej Napoleona w roku 1812, w roku 1813 bił się w obronie Gdańska przed Prusakami i Szwedami Bernadotte'a.
W roku 1815, po ostatecznym upadku Napoleona, Mielżyński nie wstąpił do wojsk Królestwa Kongresowego, lecz wziął abszyt i przeniósł się do swych posiadłości w Wielkopolsce (Pawłowice, Kąkolewo, Poniec, Smogulec, Gołańcz), które ponownie trafiły pod zabór pruski. Tam gospodarował swymi majątkami i udzielał się bardzo aktywnie jako mason, szczególnie w lożach popierających konspiracyjną walkę o niepodległość i zjednoczenie Polski, jak poznański Związek Kosynierów, któremu Mielżyński przewodził, czy też w tajnej organizacji wolnomularskiej stworzonej przez Waleriana Łukasińskiego.
Mielżyński poślubił w 1800 r. Prowidencję Honoratę z Zarembów i miał z nią syna Leona i trzy córki, z których Laura (Eleonora) poślubiła 2:o voto Józefa Napoleona Czapskiego. Para ta była rodzicami Bogdana Hutten-Czapskiego, znanej postaci z okresu Królestwa Regencyjnego.