W 1665 pożar pochłonął klasztor i kościół, ponieważ nie starczało pieniędzy na odbudowę kościoła budynek świątyni popadał w coraz większą ruinęHalina Machura, Zdzisłąw Machura, Zofia Madela; PRZEDZIWNE DZIEJE KOŚCIOŁA ŚW. MIKOŁAJA I ZAKONU NORBERTANEK W SŁUPSKU, Słupsk 2004, s. 38.. W 1737 roku kościół został odbudowany i przeznaczony jako zbór garnizonowy – służył wojsku i odprawiano w nim nabożeństwa ewangelicko-luterańskie. W 1740 kościół św. Mikołaja zamieniono na magazyn i wozownię. Od jesieni 1759 do wiosny 1760 w Słupsku wojska rosyjskie używały kościoła św. Mikołaja jako cerkwi prawosławnej i miejsca kwaterowania. Następnie kościół użytkowano jako magazyn i remiza strażackaHalina Machura, Zdzisłąw Machura, Zofia Madela; PRZEDZIWNE DZIEJE KOŚCIOŁA ŚW. MIKOŁAJA I ZAKONU NORBERTANEK W SŁUPSKU, Słupsk 2004, s. 39.. Od 1772 do 1945 w budynku mieściła się szkoła.
W 1945 żołnierze Armii Czerwonej podpalili słupską starówkę i budynek pokościelny też zgorzał. Ruina kościoła św. Mikołaja została odbudowana, w 1971 odbyło się uroczyste otwarcie umiejscowionej w nim bibliotekiHalina Machura, Zdzisłąw Machura, Zofia Madela;