Zwierzchnictwo gnieźnieńskie miało miejsce dla wszystkich okolicznych parafii przez cały XIII wiek.
Budowa kościoła thumb|Pierwsze kościoły w Słupsku: św. Piotra i św. Mikołaja
Książę Świętopełk w 1265 roku nadał prawa miejskie słupskiej osadzie, składającej się także z osiedleńców z północnych Niemiec, zajmujących lewobrzeżną część dogodnych obszarów doliny Słupi. Kościół św. Mikołaja powstał na dwóch niezbyt wysokich skarpach nad rzeką i właśnie stanowił parafię dla lewobrzeżnego miasta- nie jest znana data wyświęcenia kościoła.
Konstrukcja drewnianego kościoła zaczyna być wznoszona od 1311 roku. Ma to związek z otrzymaniem przez norbertanki (klasztor znajduje się już od tamtego czasu przy kościele) od margrabiów brandenburskich Jana i Waldemara placu pod budowę kościoła i nowego klasztoruBarbara Popielas-Szultka; POCZĄTKI I LOKACJE MIAST NA POMORZU SŁAWIEŃSKO-SŁUPSKIM DO POŁOWY XIV WIEKU, SŁUPSK 1990, s. 71.. Konstrukcje drewnianego kościoła i klasztoru były umiejscowione w tym samym miejscu co dzisiejsza konstrukcja murowana.
Kościół murowany z cegły zbudowano jeszcze w XIV wieku lub na początku XV wieku. Kościół jest orientowany, co oznacza, że jego prezbiterium jest od wschodniej strony.