Alyx udaje się przeżyć dzięki ratunkowi ze strony Vortigauntów – uwalniających od wpływów G-Mana również Gordona Freemana. Wraz z Gordonem jest teleportowana poza Cytadelę, lecz obydwoje zmuszeni są wrócić do jej centrum. Alyx trzyma się blisko Gordona przez większą część akcji dodatku Half-Life 2: Episode One, docierając w końcu do wyjścia z Miasta 17 i uciekając ostatnim pociągiem ruchu oporu w momencie wybuchu Cytadeli.
Warto zauważyć, iż na samym początku gry Half-Life zdjęcie „młodej” Alyx można znaleźć w szafce Freemana. Dla porównania, w Half-Life 2, w rozdziale „Black Mesa East”, widzimy rodzinne zdjęcie na którym również występuje „małoletnia” Alyx.
Uzbrojenie W Half-Life 2 i większej części Episode One Alyx używa unikalnej broni, automatycznego pistoletu nazwanego po prostu „Alyx's Gun” (z ang. pistolet Alyx). Freeman nie może korzystać z tej broni, chociaż może go otrzymać za pomocą konsoli (broń jest również dostępna w japońskim modzie zwanym „Smod”. Jakkolwiek, w późniejszej części Episode One Alyx bierze strzelbę (identycznej jak ta dostępna dla gracza, która przypomina Franchi SPAS-12) i posługuje się nim w szpitalu w Rozdziale 4.