Krzyżanowski pracował po zakończeniu nauki jako inżynier w Wirginii, brał udział w budowie kolei na zachód. Podczas pracy na kolei poznał generała Burnetta i ożenił się z jego córką, Caroline, z którą przeniósł się do Waszyngtonu, by założyć firmę. Na tej działalności zdołał się wzbogacić i zaangażował się po stronie Partii Republikańskiej.
Wojna secesyjna W 1860 roku Krzyżanowski wsparł kandydaturę Abrahama Lincolna na stanowisko prezydenta Stanów Zjednoczonych. Jego zwycięstwo w wyborach spowodowało wybuch wojny domowej. Krzyżanowski zgłosił się do wojska jako szeregowy dwa dni po ogłoszeniu mobilizacji, zorganizował w Waszyngtonie oddział imigrantów, który obronił miasto przed pierwszymi atakami południowców. Za tę akcję został mianowany kapitanem, a następnie majorem. Zaraz potem w Nowym Jorku rozpoczął kampanię rekrutacyjną wśród imigrantów z Europy, którzy sformowali 58. Ochotniczy Pułk Piechoty Nowego Jorku, zwany „Polskim Legionem”. Awansowany do stopnia pułkownika i został mianowany jego dowódcą.