W 1944 w czasie powstania warszawskiego prowadzone były zacięte walki w rejonie Sejmu i Powiśla, a willa Pniewskiego przechodziła z rąk do rąk. W połowie września rannych zostało tu kilku powstańców, m.in. 12 września nieznany z imienia i nazwiska powstaniec z obsługi Piata, który z willi ostrzeliwał czołgi niemieckie atakujące od strony Sejmu.
W okresie II wojny światowej rodzina Pniewskiego została z willi wysiedlona. Architekt wrócił tam po 1945 roku i był jej właścicielem aż do swojej śmierci w 1965.
W 1965 budynek został wpisany do rejestru zabytków.
W 1966 willa została zakupiona przez Polską Akademię Nauk (PAN) od spadkobierców Bohdana Pniewskiego z przeznaczeniem na cele muzealne.
Po wykupie willi, na podłodze i parapecie, na klatce schodowej wyłożonej marmurem, znaleziono zakrzepnięte ślady krwi wsiąkniętej w kamień posadzki. Wcześniejsze podejrzenia, że jest to krew powstańca warszawskiego, potwierdzono w 1978 roku dzięki badaniom ekspertów Instytutu Kryminalistyki i Kryminologii Akademii Spraw Wewnętrznych. 21 kwietnia 1980 na klatce schodowej z inicjatywy PAN umieszczono tablicą z napisem: Utrwalone w marmurze ślady krwi przelanej przez nieznanego Powstańca Warszawy w 1944 roku. W 2004 roku z okazji 60.