W sezonie 2003/04 III liga była podzielona jak w poprzednich sezonach na 4 grupy. Zwycięzcy grup awansowali bezpośrednio do II ligi, natomiast zespoły, które zajęły drugie miejsca zagrały baraże z zespołami które zajęły miejsca 11-14 w II lidze. Bezpośredni awans uzyskały: MKS Mława (z grupy I), Kujawiak Włocławek (z grupy II), Zagłębie Sosnowiec (z grupy III) i Korona Kielce (z grupy IV), a po barażach awansował Radomiak Radom z grupy 1. W sumie w czterech grupach grało 64 zespoły, ale 2 zespoły wycofały się po rundzie jesiennej.
Grupa 1
Drużyny
Objaśnienia: W związku z wycofaniem się po sezonie Stomilu Olsztyn (spadkowicza z II ligi), w III lidze utrzymała się Polonia Olimpia Elbląg. Tabela
||rowspan=11|
* Czołówka strzelców: Mariusz Walczak (MKS Mława) 17 goli, Grzegorz Seremak (Kozienice) 15, Maciej Tataj (Okęcie) 14, Tomasz Włodarczyk (Drwęca) 12, Maciej Rogalski (MKS Mława) 11.
Baraże o II ligę
Zwycięzca barażu: Radomiak Radom
Baraże o utrzymanie w III lidze
Zwycięzca barażu: Ruch Wysokie Mazowieckie
Grupa 2
Drużyny