Dowodził także grupami samolotów w dalszych operacjach japońskiego lotnictwa pokładowego, przede wszystkim bombardowaniu Darwin 19 lutego 1942 i rajdzie na Ocean Indyjski w kwietniu 1942. Nie walczył pod Midway z powodu rekonwalescencji po usunięciu wyrostka. Zastąpił go komandor Joichi Tomonaga, który zginął w tej bitwie. Sam Fuchida służył jako doradca admirała Nagumo na okręcie flagowym „Akagi”. Gdy lotniskowiec został trafiony amerykańskimi bombami, pilot zdołał uratować się z mostka opuszczając się na linie na pokład z kilkoma oficerami, lecz złamał przy tym obie nogi w kostkach. Został następnie uratowany z tonącego okrętuZbigniew Flisowski, Od Morza Koralowego po Midway, Wydawnictwo Poznańskie, Poznań 1988..
Po wyzdrowieniu służył do końca wojny jako oficer sztabowy. Przebywał w Hiroszimie dzień po zrzuceniu tam bomby atomowej (6 sierpnia 1945), w celu oceny skutków wybuchu. W przeciwieństwie do innych członków komisji zdołał uniknąć choroby popromiennej.
25 marca 1951 przeszedł na chrześcijaństwoJacob D. „Jake” DeShazer, poptop.hypermart.net. i do końca życia aktywnie je propagował.