Równocześnie piął się po szczeblach kariery wojskowej w Austro-Węgrzech. W 1894 został honorowym dowódcą ("właścicielem") 4 Dolnoaustriackiego Pułku Piechoty Wielkiego Mistrza Zakonu Krzyżackiego. W 1894 po śmierci Wilhelma Habsburga został wielkim i niemieckim mistrzem zakonu krzyżackiego. Jako zwierzchnik zakonu dużo podróżował po Europie reprezentując cesarza Franciszka Józefa I i Dom Habsbursko-Lotaryński. W 1896 uczestniczył w Moskwie w uroczystościach koronacyjnych Mikołaja II Romanowa. Wizytował też podległe mu baliwaty i komturie.
W latach 1900–1908 dowodził XIV Korpusem w Innsbrucku.W przededniu wybuchu I wojny światowej Eugeniusz Ferdynand Habsburg był generałem kawalerii i komendantem obrony Tyrolu. Gdy rozpoczęły się działania wojenne, został awansowany na dowódcę 5 Armii, która walczyła na Bałkanach. Później został przeniesiony na front włoski, gdzie odegrał ważną rolę w bitwie pod Caporetto. W 1916 został awansowany na marszałka polnego.
Jako wielki mistrz zakonu krzyżackiego organizował szpitale polowe i lazarety, w których posługę pełniły krzyżackie siostry zakonne oraz bracia-kapelani.