Wybuch II wojny światowej spowodował likwidację polskiej władzy w powiecie toruńskim. Na mocy dekretu inkorporacyjnego z 8.10.1939 roku, zachodnie i północne ziemie polskie zostały wcielone do III Rzeszy. Tereny wcielone do Rzeszy zostały podzielone pod względem administracyjnym na okręgi. Powiat toruński wszedł w skład Okręg Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie, a w jego ramach znajdował się na terenie rejencji bydgoskiej. 29 grudnia 1939 roku przywrócono wszystkim miejscowościom niemieckie nazwy obowiązujące przed 1920 rokiem. Jednocześnie do końca 1939 roku organizowano nowe władze. Na czele powiatu stał landrat – kierownik administracji państwowej i samorządu oraz równocześnie kierownik partii NSDAP. W czasie okupacji funkcję landrata sprawowały 3 osoby. Od 1939 roku do 1941 roku Kippke, w latach 1941–1943 Franz Böse, a ostatnim sprawującym funkcję w latach 1943–1945 był Dr Ernst Hildhttp://www.territorial.de/dawp/thorn/landkrs.htm [dostęp 2015-02-19].dzieje twórcy: Starostwo Powiatowe w Toruniu 1939–1945, Archiwum Państwowe w Toruniu, baza danych SEZAM [dostęp 2015-02-19].. Na dzień 1 stycznia 1945 roku Landkreis Thorn (obowiązująca nazwa powiatu) dzielił się na 1 miasto Kulmsee oraz 12 gmin w ramach których istniało 83 mniejszych jednostek – wspólnot (niem. Übrige Gemeinden).