Początkowo sądzono, że utwór został napisany w języku greckim, a w III wieku n.e. dokonano jego tłumaczenia na język koptyjski. Z czasem jednak zwrócono uwagę na liczne semityzmy i syriacyzmy, dlatego badacze dopuszczają możliwość, że pierwotnym językiem był syryjski (przynajmniej dla niektórych partii). Według De Conick 48 logionów (tj. 42%), zawiera substrat semicki. Craig A. Evans wskazał, że 54 logion bardziej przypomina syryjski przekład Mt 5,3 bądź Łk 6,20 niż ich greckie oryginały.
Myślano dawniej, że utwór powstał w II wieku, w środowisku gnostyckim, w wyniku dwóch redakcji, pierwsza miała miejsce przed rokiem 140, druga w końcu II wieku w Syrii. Luźne logia, z których został skomponowany utwór, istniały wcześniej, przekazywane ustnie i zapisywane w różnej kolejności, czego potwierdzeniem są fragmenty greckie odnalezione w Oksyrynchos (stosują inną kolejność)Według Wincentego Myszora, Ewangelia powstała w środowisku gnostyków esseńskich, zaś jej nieznany autor posłużył się autorytetem apostoła (Ewangelia Tomasza, Albertyna Dembska i Wincenty Myszor (tłum), Wincenty Myszor (oprac.), Verbum, Katowice 1992, s. 6.).