12 września 2006 Matador Púchov0-3 FC Nitra FC Rimavská Sobota4-1 MFK Košice Dukla Banská Bystrica5-0 Dukla Banská Bystrica II Slovan Bratislava II2-0 Slovan Bratislava FK Čadca0-3 MŠK Žilina FC Senec1-0 Spartak Trnava II MFK Stará Ľubovňa0-0 1. FC Tatran Prešov(rzuty karne: 2:3)
13 września 2006 ŠK Aqua Turčianske Teplice2-2 Inter Bratislava(rzuty karne: 4:5) Spartak Vráble1-1 Spartak Trnava(rzuty karne: 2:4) FKS Nemšová1-0 ZTS Dubnica ŠK Eldus Močenok4-0 SFM Senec MFK Dolný Kubín0-1 MFK Zemplín Michalovce
10 października 2006 Slovan Duslo Šaľa0-1 Artmedia Bratislava FK Spišská Nová Ves1-0 MFK Ružomberok
III runda 24 października 2006 FC Nitra0-0 FK Spišská Nová Ves FC Senec1-1 1. FC Tatran Prešov Inter Bratislava0-2 MŠK Žilina MFK Zemplín Michalovce0-2 Dukla Banská Bystrica
25 października 2006 ŠK Eldus Močenok2-1 FKS Nemšová MFK Ružomberok1-1 Spartak Trnava FC Vion Zlaté Moravce4-1 Slovan Bratislava II
7 listopada 2006 Artmedia Bratislava3-0 Rimavská Sobota
Ćwierćfinały 3 kwietnia 2007 Artmedia Bratislava3-0 MŠK Žilina4 kwietnia 2007 MFK-Ružomberok II2-1 Dukla Banská Bystrica FC ViOn Zlaté Moravce1-0 FC Nitra ŠK Eldus Močenok2-2 FC Senec(rzuty karne 8:9)